La tecnología de control de la fuerza de gravedad exclusiva de Honda protege a los ocupantes controlando las fuerzas que actúan sobre la carrocería en el caso de un accidente. El CR-V supera las pruebas de choque más estrictas del mundo para choques de frente totales, parciales, laterales, desde atrás y vuelcos.

Honda equipó al CR-V con nuevas tecnologías para evitar accidentes. El sistema de freno antibloqueo ABS permite controlar el vehículo durante las frenadas de emergencia. Los faros halógenos multirreflectores ofrecen una excelente iluminación, mientras que la posición elevada del asiento del conductor mejora la visibilidad.

El CR-V tiene una carrocería capaz de absorber impactos, una zona de sobrevivencia a prueba de deformaciones, doble airbag y cinturones de seguridad de 3 puntos de anclaje con pretensionadores y limitadores de la carga. El capó, el parachoques delantero y los limpiaparabrisas fueron diseñados para causar el menor daño posible a los peatones en el caso de un accidente. El parachoque bajo evita que el CR-V se monte sobre otro vehículo en caso de una colisión.